Σε ένα βιολογικό υπολογιστή, τόσο το υλικό (hardware), όσο και το λογισμικό (software), είναι πολύπλοκα βιολογικά μόρια που ενεργοποιούν το ένα το άλλο, έτσι ώστε τελικά να επιτελέσουν ένα προκαθορισμένο χημικό έργο. Το αρχικό σήμα εισόδου είναι ένα μόριο, το οποίο με τη βοήθεια ενός λογισμικού υφίσταται μια σειρά από αλλαγές, ώσπου τελικά στην έξοδο να προκύψει ένα διαφορετικό βιομόριο.
